Expliqué : cinq étapes pour détecter le coronavirus (COVID-19)

Le processus a été expliqué à The Indian Express par le Dr V Ravi, professeur principal et chef du département de neurovirologie, NIMHANS.

Du faux sang est vu dans des tubes à essai étiquetés avec le coronavirus (COVID-19) dans cette illustration prise le 17 mars 2020. (Reuters)

Le Dr V Ravi, professeur principal et chef du département de neurovirologie, NIMHANS, explique le processus de détection du coronavirus à ce site . Voici les cinq étapes :

Collecte et transport

Le centre de test prélève des écouvillons des cavités nasales et du fond de la gorge (pharynx) et place les échantillons dans un milieu de transport du virus, qui contient des sels équilibrés et de l'albumine pour empêcher le virus de se désintégrer. L'échantillon est ensuite transporté dans une chambre froide jusqu'au laboratoire d'essai.

Extraction d'ARN viral

Les coronavirus tels que le SARS-CoV (qui est apparu en Chine en 2002-03), le MERS-CoV (qui est apparu en Arabie saoudite en 2012) ou l'actuel SARS-CoV-2 qui a causé la pandémie de COVID-19, ont de grandes , génomes à ARN simple brin. Le laboratoire de test extrait l'ARN des échantillons à l'aide de kits disponibles dans le commerce (tels que ceux fabriqués par des sociétés comme QIAGEN.)

Mettre L'ARN dans LE mix PCR

L'ARN extrait est ajouté à un mélange de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Cela inclut le « mélange maître », qui contient une enzyme « transcriptase inverse » qui convertit l'ARN en ADN. Le mélange maître contient de la Taq polymérase, l'enzyme qui crée des copies de l'ADN, des nucléotides, ainsi que d'autres éléments tels que le magnésium, dont un ion est nécessaire pour amplifier l'ADN.

Le mélange PCR contient également des « réactifs » tels que des « amorces » et des « sondes ». Les amorces sont des brins particuliers d'ADN qui sont conçus pour se lier à l'ADN à copier ; des sondes sont utilisées pour détecter la séquence spécifique dans l'échantillon d'ADN. L'OMS a recommandé des amorces et des sondes spécifiques pour les tests de COVID-19.

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Enfin, le mélange PCR se compose d'un gène de ménage - un gène humain normal (RNase P) qui est utilisé pour garantir que les échantillons ont été correctement collectés et l'ARN extrait.

AmpLification de l'ADN viral

L'échantillon, dans son mélange PCR, est placé dans des tubes ou des plaques, qui sont ensuite placés dans une machine à cycle thermique qui est utilisée pour conduire le processus de PCR.

Tout d'abord, l'ARN est converti en ADN. Ensuite, le processus de copie des gènes commence. Le thermocycleur chauffe et refroidit le mélange avec l'échantillon, en alternant entre trois températures - pour faire fondre l'ADN pour séparer les deux brins, pour que l'amorce se lie à l'ADN et pour synthétiser un nouveau brin - le tout dans un cycle qui dure un minute. Le thermocycleur exécute 30 à 40 cycles de ce type afin d'amplifier l'ADN pour rechercher le virus.

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Tester contre des contrôles

L'ADN amplifié est testé par rapport à un contrôle positif, qui consiste généralement en des gènes du virus clonés dans un plasmide, et à un contrôle négatif, qui est un échantillon « connu » qui a déjà été testé négatif pour le virus.

La RNase P doit montrer une amplification, le contrôle positif doit être positif, le contrôle négatif doit être négatif, et quel que soit le résultat obtenu pour l'échantillon, c'est le résultat correct, a déclaré le neurovirologue Dr V Ravi. Pour qu'un test soit valide avant la publication du résultat, certains « critères de validité » doivent être remplis.

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Si le gène de ménage (RNase P) est positif, le contrôle positif est positif, le contrôle négatif est négatif et l'échantillon ne montre aucun résultat positif par PCR, l'échantillon est déclaré négatif pour l'ARN du virus SARS-CoV-2. Si le résultat de la PCR est positif, le patient a le COVID-19.

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