Expliqué: Comment fonctionne le test du coronavirus (COVID-19)
Comment le test PCR recherche-t-il le virus dans les échantillons d'écouvillonnage ? Combien de temps cela prend-il? Combien d'échantillons l'Inde teste-t-elle quotidiennement et peut-elle en tester davantage ? Si c'est possible, pourquoi n'a-t-il pas encore augmenté ?
L'Inde effectue actuellement une PCR en temps réel en deux étapes pour tester le SARS-COV-2. (Reuters) Quel est le test de diagnostic du nouveau coronavirus qui cause le COVID-19 ?
le Le Conseil indien de la recherche médicale (ICMR) a déclaré que les laboratoires désignés utilisera le test conventionnel de réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel, qui est effectué sur un écouvillon prélevé à l'arrière de la gorge, un échantillon liquide des voies respiratoires inférieures ou un simple échantillon de salive. Ces tests sont couramment utilisés pour la détection des virus Influenza A, Influenza B et H1N1.
Qu'est-ce que le test PCR ?
Il utilise une technique qui crée des copies d'un segment d'ADN. La «polymérase» fait référence aux enzymes qui fabriquent les copies de l'ADN. La « réaction en chaîne » est la façon dont les fragments d'ADN sont copiés, de manière exponentielle - un est copié en deux, les deux sont copiés en quatre, et ainsi de suite. Kary Mullis, le biochimiste américain qui a inventé la technique PCR, a reçu le prix Nobel de chimie en 1993.
Cependant, le SARS-COV-2 est un virus composé d'ARN, qui doit être converti en ADN. Pour cela, la technique comprend un processus appelé transcription inverse. Une enzyme « transcriptase inverse » convertit l'ARN en ADN. Des copies de l'ADN sont ensuite réalisées et amplifiées. Un colorant fluorescent de liaison à l'ADN appelé sonde montre la présence du virus. Le test distingue également le SRAS-COV-2 des autres virus.
Combien de temps dure le processus PCR ?
Les PCR en temps réel ont réduit le temps nécessaire pour tester les échantillons à 4,5 heures par rapport à environ 6 heures plus tôt, a déclaré le scientifique de l'ICMR, le Dr R R Gangakhedkar. Cependant, le délai d'exécution global - à partir du moment où les échantillons sont collectés jusqu'à la remise du rapport - est d'environ 24 heures et devrait être inférieur, a-t-il déclaré.
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Comment se déroule le test en Inde ?
L'Inde effectue actuellement une PCR en temps réel en deux étapes pour tester le SRAS-COV-2, a déclaré le Dr V Ravi, professeur principal et chef de la neurovirologie de NIMHANS. La première étape est conçue pour détecter les éléments génétiques communs aux coronavirus humains qui peuvent exister dans l'échantillon. La deuxième étape est conçue pour tester des gènes spécifiques présents uniquement dans le virus SARS-COV-2.
Jusqu'au début du mois de mars, le dépistage initial Le test pour vérifier tout type de coronavirus a été effectué par tous les laboratoires, mais la PCR de confirmation n'a été effectuée que par l'Institut national de virologie de Pune. Ensuite, NIV Pune a transféré la technologie (réactifs requis pour la confirmation) à tous les laboratoires afin qu'il n'y ait pas besoin d'un échantillon pour aller jusqu'à Pune. Cela a réduit le temps nécessaire pour tester les échantillons, a déclaré le Dr Ravi.
Test de coronavirus : du faux sang est vu dans des tubes à essai étiquetés avec le coronavirus ( COVID-19 ) dans cette illustration prise le 17 mars 2020. (Illustration Reuters : Dado RuvicO L'Inde teste-t-elle suffisamment de chiffres ?
L'Inde a la capacité de tester 10 000 échantillons par jour et en teste actuellement environ 600 à 700. Par comparaison, la Corée du Sud, qui a un délai d'exécution similaire, testerait jusqu'à 20 000 échantillons par jour, en particulier en utilisant des modèles comme ses installations de test au volant.
Le gouvernement soutient qu'il n'est pas nécessaire à ce stade de tester chaque personne. Le pays teste la cohorte qu'il doit tester pour le moment, a déclaré le Dr Gangakhedkar. Si vous passez par transmission localisée, nous testons suffisamment. Si vous croyez qu'il y a une transmission communautaire, alors c'est un problème différent. Il n'y a toujours aucune preuve où nous ne savons pas comment le cas index a contracté cette infection, a-t-il déclaré.
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Nous ne voulons pas faire de tests aveugles parce que maintenant tout le monde demande un test. Donc, quelque part, nous devrons le rationaliser… mais il est également important de garder un œil sur la transmission communautaire, a déclaré le Dr Nivedita Gupta, scientifique de l'ICMR, lors d'un point de presse la semaine dernière.
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Quelle sera la stratégie si la transmission communautaire se produit ?
L'ICMR effectue une surveillance de toute preuve de transmission communautaire, chacun des 52 laboratoires de test indiens testant 20 échantillons aléatoires de patients atteints d'infection respiratoire aiguë sévère (SARI). La «première coupe» de ces tests devrait être publiée mercredi. L'ICMR a déclaré que, dans le cas où un cas de transmission communautaire serait découvert à partir de ces tests de surveillance, les stratégies du gouvernement seraient complètement différentes.
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Le coût est un obstacle potentiel, estiment certains experts. Les responsables de l'ICMR ont déclaré lors d'une conférence que le coût d'un test primaire pour COVID-19 est de Rs 1 500. Si un deuxième test doit être effectué pour confirmer les résultats du premier test, le coût total est d'environ Rs 5 000. L'un des responsables avait également déclaré que les sondes utilisées, qui sont importées d'Allemagne, sont un facteur limitant.
Alors que le nombre de centres de test a augmenté, les importations de sondes ont également augmenté. La semaine dernière, l'Inde voulait importer environ 200 000 sondes, tandis que lundi, le Dr Gangakhedkar a déclaré que le gouvernement prévoyait d'en importer environ un million.
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L'Inde pourrait-elle faire les choses différemment ?
Selon le directeur exécutif du Translational Health Science and Technology Institute India, le Dr Gagandeep Kang, ce que l'Inde avait commencé à faire était exactement ce qui était recommandé pour un pays où la maladie était importée. Cependant, le dépistage et le suivi de ceux qui entrent dans le pays, et la mise sous surveillance de ceux avec qui ils sont entrés en contact, est une approche rationnelle et appropriée si le seul risque était d'importer la maladie, et que le suivi et le dépistage étaient de 100 %, elle a dit.
Mais ce qui peut arriver, c'est qu'avec cette infection, vous pouvez excréter avant même de développer des symptômes, et dans très peu de cas, vous pourriez ne jamais avoir de symptômes, vous pourriez donc la transmettre à d'autres personnes sans savoir que vous êtes infecté, a-t-elle déclaré. Ce genre de complexité… oblige à penser à avoir une stratégie de sauvegarde pour voir si vous avez réellement manqué quelque chose, a-t-elle déclaré. Il y a plus que nous pourrions faire.
La surveillance de l'ICMR sera-t-elle utile ?
La décision de l'ICMR est une bonne étape, mais il y a des régions qu'un tel exercice laisserait de côté, a déclaré le Dr Kang. Si vous testez des échantillons chaque semaine dans chaque laboratoire de la grippe, alors si vous trouvez ne serait-ce qu'un résultat positif, cela vous dira que vous avez manqué beaucoup de choses, a-t-elle déclaré.
Selon le Dr Kang, il est possible d'utiliser la modélisation mathématique pour comprendre ce qui donnerait au gouvernement une chance raisonnable d'identifier s'il existe déjà une transmission communautaire. Je pense que ce serait formidable d'avoir le genre de modèle qu'a Singapour, où tout médecin n'importe où qui avait un soupçon clinique, même s'il ne correspondait pas à la description, était autorisé à envoyer son patient pour un test, a-t-elle ajouté.
– Contributions de Kaunain Sheriff M
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