Expliqué : Avec la mutation de Covid-19, qu'est-ce que cela signifie pour nous ?

Comme tous les virus, le coronavirus est un métamorphe. Certains changements génétiques sont sans conséquence, mais certains peuvent lui donner un avantage.

Des gens attendent dans le hall de la gare de Paddington à Londres, après l'annonce que Londres passera aux restrictions Covid-19 de niveau 4 à partir de minuit, le samedi 19 décembre 2020. (Stefan Rousseau, PA via AP)

Écrit par Apoorva Mandavilli

Tout comme les vaccins commencer à offrir de l'espoir pour sortir de la pandémie, des responsables britanniques ont sonné le week-end dernier une alarme urgente concernant ce qu'ils ont appelé une nouvelle variante hautement contagieuse du coronavirus circulant en Angleterre.

Citant la propagation rapide du virus à Londres et dans ses environs, le Premier ministre Boris Johnson a imposé le verrouillage le plus strict du pays depuis mars.

Lorsque le virus change de méthode d'attaque, nous devons changer notre méthode de défense, a-t-il déclaré.

Les gares de Londres se sont remplies de foules de personnes se précipitant pour quitter la ville alors que les restrictions entrent en vigueur. Dimanche, les pays européens ont commencé fermer leurs frontières aux voyageurs du Royaume-Uni, dans l'espoir d'exclure la nouvelle itération de l'agent pathogène.

En Afrique du Sud, une version similaire du virus a émergé, partage l'une des mutations observées dans la variante britannique, selon les scientifiques qui l'ont détectée. Ce virus a été trouvé dans jusqu'à 90 % des échantillons dont les séquences génétiques ont été analysées en Afrique du Sud depuis la mi-novembre.

Les scientifiques s'inquiètent de ces variantes mais ne les surprennent pas. Les chercheurs ont enregistré des milliers de minuscules modifications dans le matériel génétique du coronavirus alors qu'il s'est propagé à travers le monde.

Certaines variantes deviennent plus courantes dans une population simplement par chance, et non parce que les changements surchargent en quelque sorte le virus. Mais comme il devient plus difficile pour l'agent pathogène de survivre - en raison des vaccinations et de l'immunité croissante des populations humaines - les chercheurs s'attendent également à ce que le virus acquière des mutations utiles lui permettant de se propager plus facilement ou d'échapper à la détection par le système immunitaire.

C'est un véritable avertissement auquel nous devons prêter une plus grande attention, a déclaré Jesse Bloom, biologiste de l'évolution au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. Certes, ces mutations vont se propager, et certainement, la communauté scientifique, nous devons surveiller ces mutations, et nous devons caractériser celles qui ont des effets.

La variante britannique a environ 20 mutations, dont plusieurs qui affectent la façon dont le virus se verrouille sur les cellules humaines et les infecte. Ces mutations pourraient permettre au variant de se répliquer et de se transmettre plus efficacement, a déclaré Muge Cevik, expert en maladies infectieuses à l'Université de St. Andrews en Écosse et conseiller scientifique du gouvernement britannique.

Mais l'estimation d'une plus grande transmissibilité – les responsables britanniques ont déclaré que la variante était jusqu'à 70% plus transmissible – est basée sur la modélisation et n'a pas été confirmée par des expériences en laboratoire, a ajouté Cevik.

Dans l'ensemble, je pense que nous avons besoin d'un peu plus de données expérimentales, a-t-elle déclaré. Nous ne pouvons pas entièrement exclure le fait que certaines de ces données de transmissibilité pourraient être liées au comportement humain.

En Afrique du Sud également, les scientifiques ont rapidement remarqué que le comportement humain était le moteur de l'épidémie, pas nécessairement de nouvelles mutations dont l'effet sur la transmissibilité n'avait pas encore été quantifié.

L'annonce britannique a également fait craindre que le virus puisse évoluer pour devenir résistant aux vaccins en cours de déploiement. Les inquiétudes se concentrent sur une paire d'altérations du code génétique viral qui peuvent le rendre moins vulnérable à certains anticorps.

Une femme marche sur une Oxford Street détrempée par la pluie à Londres. (Le New York Times : Andrew Testa)

Mais plusieurs experts ont appelé à la prudence, affirmant qu'il faudrait des années – et non des mois – pour que le virus évolue suffisamment pour rendre les vaccins actuels impuissants.

Personne ne devrait s'inquiéter qu'il y ait une seule mutation catastrophique qui rende soudainement inutile toute immunité et tous les anticorps, a déclaré Bloom. Ce sera un processus qui se déroulera sur plusieurs années et nécessitera l'accumulation de multiples mutations virales. Ce ne sera pas comme un interrupteur marche-arrêt.

La nuance scientifique importait peu aux voisins de la Grande-Bretagne. Inquiets de l'afflux potentiel de voyageurs transportant la variante, les Pays-Bas ont annoncé qu'ils suspendraient les vols en provenance de Grande-Bretagne du dimanche au 1er janvier.

L'Italie a également suspendu les voyages en avion et les autorités belges ont décrété dimanche une interdiction de 24 heures sur les arrivées du Royaume-Uni par avion ou par train. L'Allemagne élabore des réglementations limitant les voyageurs en provenance de Grande-Bretagne ainsi que d'Afrique du Sud.

D'autres pays envisagent également des interdictions, parmi lesquels la France, l'Autriche et l'Irlande, selon les médias locaux. L'Espagne a demandé à l'Union européenne une réponse coordonnée à l'interdiction des vols. Le gouverneur Andrew Cuomo de New York a demandé à l'administration Trump d'envisager d'interdire les vols en provenance de Grande-Bretagne.

En Angleterre, les responsables des transports ont déclaré qu'ils augmenteraient le nombre de policiers surveillant les centres comme les gares pour s'assurer que seuls les trajets essentiels étaient effectués. Le secrétaire à la Santé du pays, Matt Hancock, a qualifié dimanche ceux qui emballaient les trains d'irresponsables.

Il a également déclaré que les restrictions imposées par Johnson pourraient être en place pendant des mois.

Comme tous les virus, le coronavirus est un métamorphe. Certains changements génétiques sont sans conséquence, mais certains peuvent lui donner un avantage.

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Les scientifiques craignent particulièrement cette dernière possibilité. La vaccination de millions de personnes peut forcer le virus à de nouvelles adaptations, des mutations qui l'aident à échapper ou à résister à la réponse immunitaire. Déjà, il y a de petits changements dans le virus qui sont apparus indépendamment plusieurs fois à travers le monde, suggérant que les mutations sont utiles à l'agent pathogène.

La mutation affectant la susceptibilité aux anticorps – techniquement appelée délétion 69-70, ce qui signifie qu'il manque des lettres dans le code génétique – a été observée au moins trois fois : chez des visons danois, chez des personnes en Grande-Bretagne et chez un patient immunodéprimé qui est devenu beaucoup moins sensible au plasma de convalescence.

Cette chose transmet. C'est acquérir. Il s'adapte tout le temps, a déclaré le Dr Ravindra Gupta, virologue à l'Université de Cambridge, qui a détaillé la semaine dernière l'émergence et la propagation récurrentes de la délétion. Mais les gens ne veulent pas entendre ce que nous disons, c'est-à-dire que ce virus va muter.

Une femme tire une valise devant un arbre de Noël dans le hall de la gare de Waterloo, dans le centre de Londres, le dimanche 20 décembre 2020. (Victoria Jones, PA via AP)

La nouvelle délétion génétique modifie la protéine de pointe à la surface du coronavirus, dont elle a besoin pour infecter les cellules humaines. Des variantes du virus avec cette délétion sont apparues indépendamment en Thaïlande et en Allemagne au début de 2020 et sont devenues répandues au Danemark et en Angleterre en août.

Plusieurs articles récents ont montré que le coronavirus peut évoluer pour éviter la reconnaissance par un seul anticorps monoclonal, un mélange de deux anticorps ou encore un sérum de convalescence administré à un individu spécifique.

Heureusement, tout le système immunitaire du corps est un adversaire bien plus redoutable.

Les vaccins Pfizer-BioNTech et Moderna induisent une réponse immunitaire uniquement à la protéine de pointe portée par le coronavirus à sa surface. Mais chaque personne infectée produit un répertoire vaste, unique et complexe d'anticorps dirigés contre cette protéine.

Le fait est que vous avez un millier de gros canons pointés sur le virus, a déclaré Kartik Chandran, expert en virus à l'Albert Einstein College of Medicine à New York. Peu importe comment le virus se tord et se tisse, il n'est pas si facile de trouver une solution génétique qui puisse vraiment combattre toutes ces différentes spécificités d'anticorps, sans parler des autres bras de la réponse immunitaire.

En bref : Il sera très difficile pour le coronavirus d'échapper aux défenses de l'organisme, malgré les nombreuses variantes qu'il peut adopter.

Pour échapper à l'immunité, un virus doit accumuler une série de mutations, chacune permettant à l'agent pathogène d'éroder l'efficacité des défenses de l'organisme. Certains virus, comme la grippe, accumulent ces changements relativement rapidement. Mais d'autres, comme le virus de la rougeole, ne collectent pratiquement aucune des altérations.

Même le virus de la grippe a besoin de cinq à sept ans pour collecter suffisamment de mutations pour échapper complètement à la reconnaissance immunitaire, a noté Bloom. Son laboratoire a publié vendredi un nouveau rapport montrant que les coronavirus du rhume évoluent également pour échapper à la détection immunitaire – mais sur de nombreuses années.

L'ampleur des infections dans cette pandémie peut générer rapidement de la diversité dans le nouveau coronavirus. Pourtant, une grande majorité de personnes dans le monde n'ont pas encore été infectées, ce qui a donné espoir aux scientifiques.

Ce serait un peu surprenant pour moi si nous voyions une sélection active pour l'évasion immunitaire, a déclaré Emma Hodcroft, chercheuse en santé publique moléculaire à l'Université de Berne en Suisse.

Dans une population encore majoritairement naïve, le virus n'a tout simplement pas encore besoin de le faire, a-t-elle déclaré. Mais c'est quelque chose que nous voulons surveiller à long terme, d'autant plus que nous commençons à faire vacciner davantage de personnes.

Vacciner environ 60% d'une population dans un délai d'environ un an et réduire le nombre de cas pendant que cela se produit contribuera à minimiser les risques de mutation du virus, a déclaré Hodcroft.

Pourtant, les scientifiques devront suivre de près l'évolution du virus pour repérer les mutations qui pourraient lui donner un avantage sur les vaccins.

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