Expliqué : À quelle vitesse la nouvelle souche de coronavirus se propage-t-elle ? Cela affectera-t-il la vaccination?

Nouvelle souche de coronavirus au Royaume-Uni : l'Inde et plusieurs autres pays ont suspendu les vols à destination et en provenance du Royaume-Uni. Quelles mutations ont conduit à la variante du coronavirus qui a suscité des inquiétudes ? À quelle vitesse s'est-il propagé? Et cela aura-t-il un impact sur la vaccination ?

Des vols en provenance de Grande-Bretagne sont annulés à l'aéroport de Cointrin, à Genève, en Suisse, le 21 décembre 2020. (Photo Reuters : Denis Balibouse)

Le lundi Inde suspendu tous les vols depuis et vers le Royaume-Uni jusqu'au 31 décembre, en raison des inquiétudes concernant un nouvelle variante du SRAS-CoV-2 qui se propage et se développe rapidement là-bas. Plusieurs autres pays ont également suspendu les vols au Royaume-Uni et imposé des restrictions de voyage.

Quelles sont ces préoccupations qui conduisent à des restrictions de voyage ?

La semaine dernière, la nouvelle variante du SARS-CoV-2 s'est révélée être la raison de l'augmentation rapide des cas de Covid-19 dans le sud et l'est de l'Angleterre. Il est appelé VUI (Variant Under Investigation) 202012/01, ou la lignée B.1.1.7.

Au cours des derniers jours, grâce à notre capacité génomique de classe mondiale, nous avons identifié une nouvelle variante du coronavirus, qui pourrait être associée à une propagation plus rapide dans le sud de l'Angleterre, a déclaré le secrétaire britannique à la Santé Matt Hancock à la Chambre des communes le 14 décembre. Les autorités britanniques ont déjà informé l'Organisation mondiale de la santé de la variante.

Public Health England (PHE) a annoncé que 1 108 cas avec cette variante avaient été identifiés au 13 décembre, principalement dans le sud et l'est de l'Angleterre. PHE travaille avec des partenaires pour enquêter et prévoit de partager ses conclusions au cours des 2 prochaines semaines, a-t-il déclaré.

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Comment est la variante ?

La variante a été identifiée dans la surveillance génomique par COVID-19 Genomics UK (COG-UK), un consortium qui analyse les données de séquençage du génome du Royaume-Uni. COG-UK est le plus grand contributeur à la base de données mondiale Covid-19 GISAID.

La variante est le résultat de multiples mutations dans la protéine de pointe du nouveau coronavirus SARS-CoV-2, ainsi que de mutations dans d'autres régions génomiques du virus à ARN. Une analyse préliminaire suggère qu'il est plus transmissible que les variantes qui circulaient auparavant. COG-UK a identifié l'une de ces mutations sous le nom de N501Y, dans une zone de la protéine de pointe qui se lie à une protéine clé de la cellule humaine, le récepteur ACE2. Cela indique que les altérations peuvent, théoriquement, rendre le virus plus infectieux. Des efforts sont en cours pour confirmer si l'une de ces mutations contribue ou non à une transmission accrue, a déclaré le consortium.

Que savons-nous jusqu'à présent sur la transmissibilité et la gravité de la maladie?

Dimanche, PHE a déclaré que les données du séquençage du génome entier, de l'épidémiologie et de la modélisation suggèrent que la nouvelle variante se transmet plus facilement que les autres souches.

Cependant, il a également souligné qu'il n'y a aucune preuve que la variante est plus susceptible de provoquer une maladie grave ou une mortalité. … Mais nous poursuivons les enquêtes pour mieux comprendre cela, a-t-il déclaré. Il a déclaré que la mortalité est un indicateur retardé et qu'il le surveillera en permanence au cours des prochaines semaines.

PHE a déclaré qu'il ne connaissait pas encore le mécanisme de cette augmentation de la transmission. Nous savons que les mutations de la protéine de pointe, la partie du virus qui la rend infectieux, peuvent modifier la façon dont le virus interagit avec les cellules humaines, a-t-il déclaré.

Il a déclaré que les preuves montrent que les taux d'infection dans les zones géographiques où cette souche particulière a circulé ont augmenté plus rapidement que prévu, et les preuves de modélisation ont démontré que cette variante a un taux de transmission plus élevé que les autres variantes en circulation actuelle.

Nouvelle souche de coronavirus au Royaume-Uni: un policier dirige la circulation à l'entrée du terminal de ferry fermé à Douvres, en Angleterre, lundi, après la fermeture du port de Douvres. (Photo AP)

Dans quelle mesure la transmissibilité plus élevée est-elle préoccupante ?

Le 18 décembre, le Groupe consultatif sur les menaces de virus respiratoires nouveaux et émergents (NERVTAG), qui conseille le gouvernement britannique sur la menace posée par les virus respiratoires nouveaux et émergents, a déclaré que la nouvelle variante pourrait potentiellement augmenter le nombre de reproduction de la maladie jusqu'à 0,93 . Il a déclaré qu'il avait une confiance modérée dans le fait que la nouvelle variante démontre une augmentation substantielle de la transmissibilité par rapport aux autres variantes.

Le groupe d'experts a cependant conclu qu'il n'y a actuellement pas suffisamment de données pour tirer une conclusion sur le mécanisme sous-jacent de l'augmentation de la transmissibilité, la répartition par âge des cas et la gravité de la maladie. Il a déclaré que 4 décès sur environ 1 000 cas ont été identifiés, mais des travaux supplémentaires sont nécessaires pour comparer ce taux de mortalité avec des ensembles de données comparables.

L'emplacement des mutations dans le domaine de liaison au récepteur de la glycoprotéine de pointe soulève la possibilité que ce variant soit antigéniquement distinct des variants antérieurs. Quatre réinfections probables ont été identifiées parmi 915 sujets avec cette variante, mais des travaux supplémentaires sont nécessaires pour comparer ce taux de réinfection avec des ensembles de données comparables, a-t-il déclaré.

Dimanche, une note d'évaluation de la menace publiée par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a déclaré que l'analyse phylogénétique révèle que le groupe diffère de 29 substitutions de nucléotides par rapport à la souche originale de Wuhan. Trois séquences du Danemark et une d'Australie, provenant d'échantillons collectés en novembre 2020, se regroupent avec la variante britannique, indiquant très probablement qu'une propagation internationale s'est produite, bien que l'étendue reste inconnue, a-t-il déclaré.

Nouvelle souche de coronavirus au Royaume-Uni: le port de Douvres ferme alors que les pays de l'UE imposent une interdiction de voyager depuis le Royaume-Uni. (Photo Reuters)

Mais le virus n'a-t-il pas muté auparavant ?

Chaque fois qu'un virus se réplique et circule dans une population humaine, des mutations se produisent naturellement, à raison d'environ une à deux mutations par mois dans la phylogénie globale.

En fait, pour le SRAS-CoV-2, le COG-UK indique qu'il existe actuellement environ 4 000 mutations dans la protéine de pointe. La variante D614G était auparavant la souche dominante car elle se propageait très facilement. Une autre souche originaire des agriculteurs espagnols, la 20A. EU1, s'est rapidement répandu dans toute l'Europe en été.

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Il est difficile de prédire si une mutation donnée est importante lorsqu'elle apparaît pour la première fois, dans un contexte d'émergence continue de nouvelles mutations. Comprendre leur signification peut être possible sur la base de travaux expérimentaux qui montrent un lien entre la mutation et un changement subtil dans la biologie du virus. Cependant, il faudrait beaucoup de temps et d'efforts pour tester l'effet de plusieurs milliers de combinaisons de mutations, a déclaré le COG-UK.

Cela aura-t-il un impact sur le développement et la riposte des vaccins ?

Dimanche, les autorités britanniques ont déclaré que d'autres travaux de laboratoire étaient entrepris en priorité pour comprendre cela. Il n'y a actuellement aucune preuve suggérant que le vaccin Pfizer ne protégerait pas les gens contre la nouvelle souche, a déclaré PHE.

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