Expliqué : Le coronavirus muté versus les tests, les vaccins

Nouveau coronavirus vs vaccins et tests Covid-19 : La variante du coronavirus circulant au Royaume-Uni est définie par de nombreuses mutations. Lesquelles sont particulièrement préoccupantes ? Pourquoi l'OMS a-t-elle indiqué qu'elle pouvait échapper à certains tests PCR et pouvait-elle avoir un impact sur la vaccination ?

Une ampoule du vaccin Pfizer-BioNTech Covid-19 au Guy's Hospital de Londres. Alors que le virus a muté dans certaines régions, la plupart des vaccins ciblent plusieurs parties. (Photo AP : Frank Augstein)

Dans les informations émergentes sur la nouvelle variante du coronavirus SARS-CoV-2 circulant au Royaume-Uni, une mutation a été particulièrement préoccupante. La variante, appelée VUI 202012/01 et signalée comme étant capable de se transmettre plus rapidement entre les personnes, est définie par pas moins de 14 mutations et trois délétions dans son matériel génétique. Une mutation, N501Y, est particulièrement préoccupante. Bien que le potentiel de la variante à avoir un impact sur les résultats des tests et de la vaccination soit toujours à l'étude, les autorités sanitaires sont largement optimistes quant au fait que la plupart des tests et des vaccins fonctionneront toujours.

Qu'est-ce qu'une mutation ?

Une mutation signifie une altération du matériel génétique. Dans un virus à ARN tel que le SARS-CoV-2, les protéines sont constituées d'une séquence d'acides aminés. Un tel virus contient quelque 30 000 « paires de bases », qui sont comme des briques placées les unes à côté des autres pour former une structure. Une altération de cette base peut être une mutation, modifiant effectivement la forme et le comportement du virus.

Dans la variante britannique, une mutation a rendu le virus plus susceptible de se lier à des protéines humaines appelées récepteurs. C'est ce qu'on appelle N501Y.

Qu'est-ce que le N501Y ?

En termes simples, l'acide aminé représenté par la lettre N, et présent à la position 501 dans la structure génétique du coronavirus, a été remplacé à cette position par un autre acide aminé, représenté par Y. La position où cette altération a eu lieu est dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine de pointe. (C'est la protéine de pointe du virus qui se lie au récepteur humain.)

Par conséquent, la mutation a augmenté l'affinité de liaison du coronavirus. Le virus muté représenterait 60% des infections récentes à Londres.

Selon la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), la même mutation dans le domaine de liaison au récepteur a été signalée indépendamment dans plusieurs pays, dont l'Afrique du Sud et l'Australie. L'analyse des séquences a montré que cette mutation provenait séparément du Royaume-Uni et de l'Afrique du Sud.

Qu'en est-il des autres mutations du coronavirus ?

Les mutations sont courantes, mais la majorité d'entre elles n'entraînent aucune altération de la structure des protéines qu'elles codent. Un autre type est la mutation « non-synonyme », qui pourrait entraîner un changement d'acide aminé.

Dans la variante circulant au Royaume-Uni, il existe six altérations synonymes et quatorze mutations non synonymes. De plus, il y a trois « suppressions » : des acides aminés retirés de la séquence.

Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), autres que N501Y, les mutations susceptibles d'influencer la transmissibilité du virus chez l'homme sont P681H et HV 69/70.

Et que sont les P681H et HV 69/70 ?

P681H : Cette mutation s'est produite dans l'acide aminé présent à 681 - une autre position dans le domaine de liaison au récepteur. Ici, l'acide aminé P a été remplacé par H. Les Centers for Disease Control (CDC) des États-Unis ont déclaré qu'il s'agissait d'un site à forte variabilité dans les coronavirus, et cette mutation spécifique est également apparue spontanément à plusieurs reprises. L'OMS a déclaré que cette mutation est d'importance biologique.

Des chercheurs ont déjà montré que cette mutation peut favoriser l'entrée dans les cellules épithéliales respiratoires et la transmission dans des modèles animaux.

Des échantillons récents séquencés au Centre d'excellence africain pour la génomique des maladies infectieuses, Redeemer's University, Nigeria ont montré la séquence P681H là-bas. Cependant, les chercheurs disent qu'à l'heure actuelle, ils ne disposent pas de preuves indiquant que la variante P681H contribue à une transmission accrue du virus au Nigeria.

HT 69/70 : Cette mutation est le résultat d'une délétion d'acides aminés aux positions 69 et 70. Ces positions sont à nouveau dans la protéine de pointe du virus. Cette délétion a également été observée en France et en Afrique du Sud. Le CDC a déclaré : Cette double délétion s'est produite spontanément à plusieurs reprises et conduit probablement à un changement de forme (c'est-à-dire un changement de conformation) de la protéine de pointe.

Des chercheurs au nom du COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), qui a signalé la nouvelle variante au Royaume-Uni, ont déclaré dans leur rapport préliminaire que cette suppression avait également été observée dans une épidémie associée au vison au Danemark. Chez l'homme, cette délétion a été associée à une autre mutation, N439K, qui s'est de nouveau produite dans le domaine de liaison au récepteur.

L'OMS a souligné que cette suppression peut affecter les performances de certains tests RT-PCR qui détectent le nouveau coronavirus.

Comment cela peut-il affecter les tests RT-PCR ?

L'OMS a déclaré que la délétion aux positions 69/70 s'est avérée affecter les performances de certains tests de PCR de diagnostic qui utilisent une 'cible du gène S' (dans la 'S' ou la protéine de pointe). Cependant, l'OMS a également déclaré que la plupart des tests PCR dans le monde utilisent plusieurs cibles et que l'impact de la variante sur le diagnostic ne devrait donc pas être significatif.

Le CDC a également déclaré que la plupart des tests PCR commerciaux ont plusieurs cibles où ils détectent le virus, de sorte que même si une mutation affecte l'une des cibles, les autres cibles PCR fonctionneront toujours.

En fait, l'infection déclenchée par la nouvelle souche au Royaume-Uni a également été détectée par le test RT-PCR conventionnel.

Les laboratoires utilisant des tests PCR internes qui ciblent le gène S du virus doivent également être conscients de ce problème potentiel. Afin de limiter l'impact sur les capacités de détection dans les pays, une approche utilisant différents tests en parallèle ou des tests multiplex ciblant différents gènes viraux est également recommandée pour permettre la détection de variants potentiels, avait recommandé l'OMS.

Cela aura-t-il un impact sur le développement de vaccins ?

Le CDC a déclaré que les vaccins approuvés par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis sont polyclonaux, produisant des anticorps qui ciblent plusieurs parties de la protéine de pointe.

Le virus aurait probablement besoin d'accumuler de multiples mutations dans la protéine de pointe pour échapper à l'immunité induite par les vaccins ou par une infection naturelle, a-t-il déclaré.

Et l'OMS a déclaré : Des études en laboratoire sont en cours pour déterminer si ces virus variants ont des propriétés biologiques différentes ou altèrent l'efficacité du vaccin. Il n'y a pas suffisamment d'informations à l'heure actuelle pour déterminer si cette variante est associée à un changement dans la gravité de la maladie clinique, la réponse des anticorps ou l'efficacité du vaccin.

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